就在大义军肆意扩张的时候，朱一贵也没有闲着，不过他并非选择去进攻清军，而是趁着清军力量薄弱，无力进攻之际，铲除了内部的叛乱，将杜君英、杜会三父子斩杀，随后收其部众，算是彻底稳固了自身内部，并且开始着眼于登陆福建。
闽浙总督满保星夜兼程赶赴厦门督战，可是此时的清军力量也得到了大大的削弱，先前南澳总兵蓝廷珍战死不说，福建水师提督施世骠也在行军当中，突遇暴雨袭击，而施世骠终夜露立，再加上年纪也确实大了，遂一病不起，却是呜呼哀哉了。
除了将领有些青黄不接，目前的清军素质也大大降低了。先前跟复汉军大战时，清军损失的多是精锐力量，如今紧急扩军招纳的，都是刚刚放下锄头的农民，在这种情况下，清军别说平叛了，就连守住浙闽两地已经变得非常困难。
也是到了这个时候，雍正才发现，自己接手的是一个何等恐怖的烂摊子。